En Los ríos profundos, seguimos las huellas de Ernesto, un joven de catorce años que habrá de transitar sobre todo por tres fases rumbo a su identidad. La primera consiste en una corta estancia en Cuzco, lugar donde habita su propio abuelo, quien simboliza el abuso y las injusticias que han padecido los indígenas quechuas desde la colonización española. Cuzco es, en palabras de su padre, un abogado ermitaño, la ciudad sagrada, el centro del mundo, el lugar en donde permanecen unidos el cielo y la tierra.
La segunda etapa estará marcada por una meta: llegar a Abancay. Y entonces el autor describirá el incansable recorrido de Ernesto al lado de su padre, a través de buena parte del territorio peruano. En esta fase se podrán observar muchos elementos que constituirán la futura personalidad de Ernesto, pues padre e hijo habrán de recorrer todo tipo de provincias en donde conocerán el bien y el mal desde la perspectiva que permiten los viajes.
La dolorosa separación entre padre e hijo, seguida de la permanencia de Ernesto en Abancay, componen el principio de la última parte de la novela, y es a mi juicio la parte en que verdaderamente se dará la iniciación de Ernesto. En Abancay se pondrá a prueba la creencia en la cosmovisión sagrada que aprendió de los indios, ya que en esa ciudad el mal tomará distintas formas: desde la violencia sin sentido practicada por los compañeros del colegio, pasando por el sempiterno abuso de los débiles entre la sociedad, hasta los tormentos propinados por la lujuria, encarnada en la Opa, una retrasada mental de la que Ernesto siempre buscará alejarse, acaso por el sucio lugar (la zona de las letrinas, una representación del infierno) en donde se desarrollan las violaciones de sus condiscípulos. Sin embargo, Ernesto no es un personaje que esté peleado con el erotismo, pues cuando acude a la chichería se alegra con la sensación luminosa que le despierta la sensualidad de una joven chichera. En esta última etapa, la cual es la más larga de las que conforman la novela, las pruebas que Ernesto deberá sortear están muy ligadas al afán integracionista que el propio Arguedas plantearía subrepticiamente como un posible proyecto de nación. A saber: las sierras, los ríos y el pasado, representando la parte indígena del Perú; con las ciudades y las costas, es decir, la ineludible parte europea del país; deberán completarse si se quiere que el Perú sea coherente con su identidad. Como mencioné antes, el mal cobrará forma ante los ojos de Ernesto mientras reside en el internado de Abancay. Sin embargo, él tratará de permanecer siempre al margen y para ello contará con varios aliados: Palacitos, Antero, Romero, algunas veces Valle, y el trompo mensajero, el zumbayllu .
Ernesto opta en todo momento por estar del lado de los indios porque comparte su cosmovisión, la sacralidad que atribuyen al mundo y a muchos de sus fenómenos físicos. En contraparte, Antero (primero un aliado) representa al futuro cacique, capaz de matar a los indios sin dudar, si acaso estos acarrean amenazas a sus intereses.
Y quizá en la novela triunfe también esa visión quechua de la vida, porque la peste, en la parte final del libro, parece conjurada gracias a las oraciones en masa de los indios, una acción cargada fuertemente de magia y misticismo. El río Pachachaca, con su corriente que no se detiene nunca, será el agente purificador que se llevará el mal y librará a los hombres de la muerte.